現在の自民党の仕組みでは、法案は国会提出前に自民党内で審議されます。その審議機関が政務調査会です。この政務調査会のトップが政調会長です。
そして、法案が政務調査会を通過すると総務会にかけられます。総務会で全会一致で了承された法案が閣議決定される慣例になっているため、総務会の決定は政府にとっても重要です。また、総務会で了承した法案は党議拘束がかけられ、すべての自民党の議員は法案の採決に際し賛成することを求められます。この総務会のトップが総務会長です。
このように、政務調査会と総務会は自民党政権にとって法案に関わる重要な機関です。だからこそ、幹事長にならんで総務会長と政調会長が党三役と呼ばれるのです。